存在于原始生命体的基因组内，而是由于DNA片断的插入或功能基因的突变产生的[4,5]。综合起来，有理由推测：内含子在原始基因中就己存在，而且当时内含子的序列与外显子序列有一定的同源性，也可以含有一些原始的基因；在进化中，仍有一部分内含子继续保留并发展其内的基因，还有一些内含子获得或形成了次生性的基因，可移动性增强，在基因组中移位或扩增，产生了“后起源”的内含子。因此，在现代基因组中，“先起源”和“后起源”的内含子是同时存在的。对于含有基因的内含子来说，其内基因的种类就可在一定程度上反映出其起源。

　　4对内含子功能的探讨

　　过去，人们把内含子看作是DNA通过膨胀缓解进化压力的“有效浪费”，并认为它含而不显。研究表明非编码区在细菌中只占整个基因组序列的10%~20%，而在人类则占到95%~97%。同时，作为非编码序列重要成分之一的内含子与生物等级成相关性。从生物进化的角度来看，内含子在生命活动中必定执行着某种或某些特殊功能。 对内含子一维序列结构和信息结构及生物功能的研究己经取得一些结果，越来越多的研究发现内含子与基因转录调控有关[6-8]。内含子具有多样性功能的特征，如：对基因表达具有增强作用叫做内含子增强效应(intron-mediated enhancement, IME)，即充当增强子；有时也起抑制作用；可充当启动子 ；可充当介导因子；能够参与RNA编辑。许多小核仁RNA(snoRNA)和小核RNA (snRNA)都被编码在内含子内[9]，而且还有一些别的基因和假基因由内含子来编码[10]。内含子具有选择剪接功能。如图2所示，外显子被非编码的内含子隔开，在转录到mRNA分子时，它们可以不同的方式(如图中的123和134)再重新组装起来，结果就编码了不同的蛋白质。这就是RNA的“选择性剪切”(alternative splicing)，也叫基因的“选择性转录”功能。由于内含子的存在使选择剪接成为可能，从而可以由同一个基因产生功能不同甚至相反的蛋白[11]。这样不但增加了基因在转录过程中的多样性，而且也大大提高了基因在转录过程中的可靠性。